🌿 Niche Dynamics Index – ecospat

Calcula índices cuantitativos de dinámica del nicho ecológico entre dos especies, poblaciones o periodos de tiempo, en base a la superposición de nichos en el espacio ambiental.

Resume los cambios en términos de:

• Estabilidad — proporción del nicho mantenido entre dos situaciones.
• Expansión — porción de nicho nuevo ocupado en la segunda situación.
• Contracción — porción del nicho original que ya no se ocupa.

Se basa en los mapas de densidad creados con ecospat.grid.clim.dyn y en el índice de solapamiento de Schoener’s D.

library(ecospat)

# 1️⃣ Crear el espacio ambiental (PCA)
pca.env <- dudi.pca(env, scannf = FALSE, nf = 2)

# 2️⃣ Calcular las densidades de presencia para dos escenarios
grid.ref <- ecospat.grid.clim.dyn(glob = pca.env$li,
                                  glob1 = pca.env$li[background1, ],
                                  sp = pca.env$li[pres1, ])

grid.new <- ecospat.grid.clim.dyn(glob = pca.env$li,
                                  glob1 = pca.env$li[background2, ],
                                  sp = pca.env$li[pres2, ])

# 3️⃣ Calcular los índices de dinámica de nicho
niche.index <- ecospat.niche.dyn.index(grid.ref, grid.new, intersection = 0.5)
      

• stability: proporción del nicho que se mantiene entre los dos escenarios.
• expansion: proporción del nicho que aparece como nuevo en el segundo escenario.
• unfilling: proporción del nicho original no ocupada en el nuevo escenario.

Los tres índices suman 1 (stability + expansion + unfilling = 1).

• Alta estabilidad → el nicho se mantiene; poca variación ambiental.
• Alta expansión → la especie coloniza condiciones nuevas.
• Alta contracción/unfilling → el nicho previo deja de ocuparse.

Este análisis es clave para evaluar cambios de nicho en invasiones biológicas, cambios climáticos o comparaciones entre regiones geográficas.

Devuelve una lista con los siguientes valores:

Elemento	Descripción
$D	Solapamiento de nicho (Schoener’s D)
$stability	Porción del nicho mantenido
$expansion	Porción del nicho nuevo
$unfilling	Porción del nicho no ocupado

• Ambos nichos deben estar calculados sobre el mismo espacio PCA.
• Visualiza los resultados con ecospat.plot.niche.dyn().
• Usa ecospat.niche.overlap() antes para conocer el grado de solapamiento.
• Ideal para comparar nichos entre regiones, especies o tiempos (e.g. clima futuro).