🌿 ecospat.plot.overlap.test

Evalúa si dos nichos ecológicos son más similares o diferentes de lo esperado al azar, mediante tests de equivalencia o similitud propuestos por Warren et al. (2008). Usa el índice de solapamiento de Schoener’s D o Hellinger, en un espacio ambiental (PCA).

En resumen: permite probar estadísticamente si los nichos de dos especies o poblaciones son equivalentes o simplemente más parecidos de lo que sería por azar.

library(ecospat)

# 1️⃣ Crear el espacio ambiental (PCA)
pca.env <- dudi.pca(env, scannf = FALSE, nf = 2)

# 2️⃣ Calcular densidades de presencia
grid1 <- ecospat.grid.clim.dyn(glob = pca.env$li, glob1 = pca.env$li[background1, ], sp = pca.env$li[pres1, ])
grid2 <- ecospat.grid.clim.dyn(glob = pca.env$li, glob1 = pca.env$li[background2, ], sp = pca.env$li[pres2, ])

# 3️⃣ Calcular el solapamiento
ecospat.niche.overlap(grid1, grid2, cor = TRUE)

# 4️⃣ Ejecutar el test de equivalencia/similitud
ecospat.plot.overlap.test(grid1, grid2, rep = 100)
      

1. Calcula el solapamiento observado (D).
2. Simula distribuciones aleatorias (backgrounds).
3. Obtiene una distribución nula esperada por azar.
4. Compara el valor observado con la distribución simulada.

Test	Propósito	Hipótesis nula	Interpretación
"equivalency"	Evalúa si los nichos son equivalentes	Misma distribución ambiental	Si p < 0.05 → nichos no equivalentes
"similarity"	Evalúa si son más similares de lo esperado	Solapamiento = aleatorio	Si p < 0.05 → nichos más similares

• D – Solapamiento observado
• sim.D – Valores simulados
• p.D – p-valor del test
• alternative – Tipo de test
• rep – Número de repeticiones

• Usa ≥100 repeticiones (rep = 100 o más) para mayor robustez.
• Ambos nichos deben estar definidos sobre la misma PCA.
• Visualiza resultados con ecospat.plot.niche().